1. 抗原的結構分析

不同的蛋白類型，選擇的方法需要多樣性。大部分情況下，蛋白C端的親水性、表面可及性和柔性都相對N端較好。蛋白的二級結構也是預測B細胞表位重要參數之一，β轉角為凸出結構，多出現在蛋白質抗原表面，有利于與抗體結合，較可能成為抗原表位。而α螺旋和β折疊結構規則不易變形，較難結合抗體，一般不作為抗原表位。含有5個以上的氨基酸殘基的轉角又常稱為環(loop)。以往的研究表明，蛋白表面的loop區可能為功能性抗體的識別位點，特異性好，可及性強。

Uniprot數據庫和CBS服務器預測信號肽、跨膜、表位等結構；EX-PASY服務器上的GOR4、HNN、SOPMA、nnPredict等方法。親水性、柔韌性、表面可能性、抗原表位預測、α螺旋和β折疊可以應用DNAstar軟件預測，同時可以結合Uniprot數據中的蛋白結構分析。MOE軟件也可以預測蛋白的結構，同時MOE軟件可以從多個角度分析蛋白的結構特性。

例如蛋白A：

1.1 信號肽分析時，表明該序列無信號肽

1.2 跨膜域分析，顯示該序列全部在胞外域

1.3 亞細胞定位預測

1.4 全長蛋白各功能域劃分

1.5 蛋白二級結構，親水性，抗原性，表面可極性，柔性分析

2. B細胞表位預測的方法及應用

線性表位的預測方法： B細胞表位的預測方法主要集中于線性表位，大量的預測B細胞表位的算法都是基于蛋白質序列。這些算法包括：蛋白質的親水性算法、可及性算法、蛋白質可塑性算法、蛋白質二級結構預測算法、蛋白質抗原性算法。這些方法的代表軟件有PEOPLE、PREDITOP、BEPITOPE、Bcepred、ABCpred、BepiPred、APP等。

構象表位的預測方法：絕大多數B細胞表位預測方法都是基于蛋白質的一級或二級結構的，但這些方法只能用來預測由連續的氨基酸殘基構成的線性表位，而基于蛋白質的三級結構來預測構象表位的方法比較少，這是因為各種抗原的構象表位可獲得的數據要遠遠少于線性表位。

基于蛋白質三級結構來預測構象表位的方法CEP：這是第yi個以抗原蛋白的三級結構PDB文件作為輸入條件，以構象性表位預測為主要目的的網上免費服務軟件。由于抗原抗體之間的相互作用屬于蛋白質與蛋白質之間相互作用中的一種，因此，可以參這些方法來預測B細胞表位。

分子對接：主要用來研究分子間的相互作用與識別，進而預測復合物結構。常用的分子對接軟件有ZDOCK、DOT、DOCK、ClusPro等。