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如何利用Label-Free Shotgun Proteomics實現蛋白全譜定量？檢測技術服務詳情介紹

在蛋白組學研究中，dànbáizhì定量不僅是基礎任務，更是連接生物學表型與分子機制的關鍵環節。隨著質譜技術的持續發展，Label-Free Shotgun Proteomics（無標記散彈槍蛋白zhìzǔxué）因其無需化學標記、樣本處理簡單、適用于大規模樣本比較等優勢，已成為高通量蛋白定量的重要技術路線。

一、什么是Label-Free Shotgun Proteomics？

1、Shotgun Proteomics簡介

“Shotgun Proteomics"是一種基于bottom-up策略的質譜分析方法，通常流程包括：

（1）蛋白樣本裂解 →

（2）膠內/液相yídànbáiméi消化 →

（3）多肽混合物經LC-MS/MS分析 →

（4）數據庫搜索鑒定dànbáizhì。

與“Targeted proteomics"不同，Shotgun策略不預設目標，而是通過數據驅動方式實現蛋白組的全局掃描和識別，因此被稱為“散彈槍"式分析。

2、Label-Free定量的原理

在Label-Free模式下，蛋白定量不依賴任何同位素或化學標記，而是基于MS信號強度（Intensity-based）或譜圖計數（Spectral Counting）進行推算：

• MS1強度法（Peak Area / Ion Intensity）：通過積分肽段的色譜峰面積反映其豐度；

• 譜圖計數法（Spectral Counting）：統計與某蛋白相關的MS/MS譜圖數目，間接反映其含量。

這類方法可以在不引入額外成本的情況下，實現多個樣本的定量比較，尤其適合大樣本量和臨床隊列研究。

二、Label-Free Shotgun的技術優勢與挑戰

1、技術優勢

• 無需標記，樣本處理流程簡單；

• 可擴展性強，適合多組學聯合設計；

• 適配不同樣本類型，如組織、血清、細胞、外泌體等；

• 支持重分析（re-analysis），便于數據復用。

2、面臨的挑戰

• 重復性與批間差異控制：樣本前處理和LC-MS系統的穩定性直接影響定量精度；

• 數據量龐大，計算需求高：需高效的數據處理與統計模型支持；

• 肽段檢測偏倚：低豐度蛋白或肽段易被遺漏。

因此，選擇經驗豐富、平臺成熟的質譜服務商至關重要。

三、如何實現高質量的Label-Free蛋白全譜定量？

1、樣本制備標準化

標準化的蛋白提取、酶解和純化流程，是保證重復性和可比性的基礎。百泰派克生物科技在此環節采用自動化樣本前處理平臺，zuì大限度降低人為誤差。

2、高分辨率質譜儀器支持

我們部署了Orbitrap Exploris 480和timsTOF Pro 2等gāoduān質譜系統，具備如下優勢：

• 高動態范圍 → 覆蓋低豐度蛋白

• 高掃描速度 → 提升蛋白識別數

• 高質量分辨率 → 增強定量準確性

3、嚴謹的LC-MS系統維護與QC體系

定期使用標準蛋白混合物進行質控，確保數據的批間一致性和儀器狀態穩定性。

4、多層級定量策略融合

除了傳統的MS1強度定量，百泰派克生物科技還引入Match Between Runs（MBR）、iBAQ、LFQ算法（如MaxQuant, Proteome Discoverer）等優良方法，實現更高的定量覆蓋率和準確度。

5、數據分析與生物信息挖掘

我們配套提供從蛋白鑒定→差異分析→功能注釋→通路富集的一站式數據分析服務，幫助客戶快速從定量數據中提取生物學洞見。

四、Label-Free Shotgun在科研中的應用

1、疾病機制研究

• 利用Label-Free定量發現癌癥組織中的差異蛋白，為生物標志物篩選提供線索；

• 解析免疫細胞在疾病狀態下的蛋白表達圖譜，揭示關鍵通路。

2、藥物靶點驗證

• 比較藥物處理前后的蛋白表達變化，輔助評估靶向效果；

• 聯合代謝組數據進行整合分析，構建作用機制網絡。

3、生物標志物探索

• 應用于血清/尿液等生物液，尋找無創標志物；

• 聯合機器學習方法，提高多蛋白panel篩選效率。

五、百泰派克生物科技如何助力您的Label-Free蛋白定量研究？

作為國內lǐngxiān的多組學技術服務提供商，百泰派克生物科技在蛋白組學領域深耕多年，已為數百家科研機構提供定制化服務。我們優勢包括：

• 高通量平臺支持：年處理能力>3000個樣本，適配大隊列項目；

• 科研+轉化并重：服務涵蓋基礎研究、臨床隊列、CRO合作；

• 技術團隊背景扎實：核心成員來自中科院、985高校，具備強項目交付能力；

• 高質量原始數據交付+定制報告支持：含定量矩陣、QC報告、差異分析圖表及功能注釋。

Label-Free Shotgun Proteomics 作為一種高效、靈活的全譜定量方法，正在成為蛋白組研究的主力技術。通過科學的實驗設計、穩定的質譜平臺和zhuānyè的數據分析團隊，您可以獲得更加全面、準確和可解釋的蛋白定量結果。如果您正準備開展相關研究，歡迎聯系百泰派克生物科技獲取zhuānyè建議和一對一技術支持。我們期待與您攜手，把握每一個蛋白分子的科研價值。

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百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白zhìzǔxué分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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